Xu Hướng 8/2022 ❤️ Xây Dựng Cây Phát Sinh Loài Dễ Dàng Với Blast Và Mega ❣️ Top View | Englishhouse.edu.vn

Xu Hướng 8/2022 ❤️ Xây Dựng Cây Phát Sinh Loài Dễ Dàng Với Blast Và Mega ❣️ Top View

Xem 792

Bạn đang xem bài viết Xây Dựng Cây Phát Sinh Loài Dễ Dàng Với Blast Và Mega được cập nhật mới nhất ngày 20/08/2022 trên website Englishhouse.edu.vn. Hy vọng những thông tin mà chúng tôi đã chia sẻ là hữu ích với bạn. Nếu nội dung hay, ý nghĩa bạn hãy chia sẻ với bạn bè của mình và luôn theo dõi, ủng hộ chúng tôi để cập nhật những thông tin mới nhất. Cho đến thời điểm hiện tại, bài viết này đã đạt được 792 lượt xem.

Cây Phát Sinh Giới Động Vật

Cây Phong Lá Đỏ Cây Bóng Mát Độc Đáo

Kỹ Thuật Trồng Và Chăm Sóc Cây Phong Lá Đỏ

Ý Nghĩa Cây Phong Lá Đỏ

Cách Chăm Sóc Cây Phong Lá Đỏ

Trình tự DNA của bạn có thể được sử dụng khá dễ dàng với phần mềm Blast và Mega – các chương trình này có thể giúp xây dựng cây phát sinh. Bạn có thể đặt câu hỏi như mối quan hệ tiến hóa giữa một tập hợp các chuỗi từ các loài khác nhau là gì? Hoặc có những dòng vi khuẩn nào xuất hiện?

BLAST

Như bất kỳ nhà sinh học học nào cũng có thể biết, bước đầu tiên của bạn đối với một chuỗi trình tự mới sẽ là sử dụng BLAST, công cụ Basic Local Alignment Search. Công cụ tiện lợi nhưng mạnh mẽ này sẽ lắp ghép trình tự của bạn với hàng triệu chuỗi được lưu trữ trong các cơ sở dữ liệu genomic và nucleotide. Công cụ này cho kết quả là các trình tự tương tự nhất với trình tự của bạn. Nó cũng cung cấp những hiểu biết chuyên sâu để có thể nhận dạng của các chuỗi đó. Kết quả bao gồm sự tương đồng giữa các loài và các mô tương tự nhau. Công cụ Blast rất quan trọng vì nó giúp xác nhận rằng các trình tự tương đồng và không phải là liên kết ngẫu nhiên.

BLASTN: So sánh trình tự nucleotide của bạn với các trình tự nucleotide trong GenBank, kho của NCBI sẽ cho các trình tự nucleotide.

BLASTX: So sánh sáu khung dịch mã khác nhau (mở khung đọc) của trình tự nucleotide của bạn tới chuỗi amino axit trong cơ sở dữ liệu Protein của NCBI. Đây là một cách tuyệt vời để tìm ra các sản phẩm và chức năng có thể có của chuỗi của bạn!

Sắp xếp nhiều trình tự (MSA)

Nhiều sự tương đồng được phát hiện qua Blast có thể được liên kết bằng cách sử dụng các thuật toán như ClustalW hoặc MUSCLE. Tôi thích sử dụng MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) vì nó chứa đựng rất nhiều chức năng.

Chọn ClustalW hoặc MUSCLE?

Hai chương trình có sự khác nhau trong cách hoạt động. ClustalW sử dụng một thuật toán tiến bộ cho sự liên kết. Nó sắp xếp hai dãy tại mỗi bước, sau đó sắp xếp liên kết với một dãy khác, v.v … MUSCLE là viết tắt của Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation. Nó đạt được kết quả tốt hơn ClustalW qua các thông số quan trọng, các thông số này bao gồm độ chính xác của liên kết cũng như sự phức tạp về thời gian và không gian thấp hơn bằng cách sử dụng các liên kết tịnh tiến chứ không phải lặp đi lặp lại.

Xây dựng cây phân loại với MEGA Phiên bản 6

Bây giờ đến phần thú vị! MEGA có rất nhiều lựa chọn để xây dựng cây phát sinh, bao gồm cây UPGMA, Maximum Parsimony, Neighbor-Joining, và Maximum Likelihood. Đây là những cách tiếp cận khác nhau để xây dựng cây, mỗi lựa chọn có ưu và nhược điểm riêng, và phù hợp cho mục đích cụ thể của bạn. Đối với một phương pháp đã chọn, Mega sẽ giúp bạn tìm ra mô hình tốt nhất cho tỷ lệ thay thế trình tự DNA hoặc protein của bạn.

Để xây dựng một cây phát sinh, đóng các liên kết tìm kiếm và trở lại cửa sổ chính MEGA. Chúng ta sẽ xây dựng một cây kết Neighbor-Joining để xem nhanh các trình tự và quan hệ của chúng với nhau. Bạn luôn có thể quay lại và vẽ lại cây bằng các phương pháp khác!

Chọn Phylogeny- Construct/Test Neighbor-Joining Tree, và chọn lưu tập tin với đuôi .meg từ Alignment Explorer trong hộp thoại mở. Sau khi chọn và nhấp vào Computer, bạn sẽ nhận được một cây giống như sau:

Cây này cho chúng ta rất nhiều thông tin về trình tự. Giờ đây rõ ràng là trình tự Zaire Ebolavirus từ Gueckedou ở Guinea, giống nhất với dòng Mayinga (chuỗi AF272001.1). Cả hai giống này gần giống nhất với dòng của Gabon, tương tự như của Tai Forest hay Sudan. Đây là một thực tế đáng ngạc nhiên khi xem xét vị trí địa lý của chúng ở Châu Phi. Guinea nằm ở Bắc Phi và Gabon nằm qua Vịnh Guinea. Điều này cho thấy rằng dơi có thể là vật lây lan chủ yếu virus ebola giữa các vị trí này.

BLAST và MEGA sẽ giúp bạn bắt đầu phân tích bộ gen và hiểu được trình tự dữ liệu. Đây là một giới thiệu rất ngắn về sức mạnh của MEGA. Lưu ý, độ tin cậy của cây có thể được ước lượng bằng cách sử dụng phương pháp bootstrap.

Tham khảo

1. Stecher, G., Liu, L., Sanderford, M., Peterson, D., Tamura, K., & Kumar, S. MEGA-MD: molecular evolutionary genetics analysis software with mutational diagnosis of amino acid variation. Bioinformatics 30, no. 9 (2014): doi:10.1093/bioinformatics/btu018.

Nguồn gốc bài viết: Bitesizebio Biên tập: chúng tôi

Phả Đồ, Sơ Đồ Phả Hệ Là Gì? Mẫu Phả Đồ, Sơ Đồ Phả Hệ Đẹp

Cách Tạo Sơ Đồ Phả Hệ Như Thế Nào?

Lập Dàn Ý Miêu Tả Hàng Phượng Vĩ Và Tiếng Ve Vào Một Ngày Hè Lớp 6

Thuyết Minh Về Cây Phượng Vĩ Trường Em

Tả Cây Phượng Vĩ Và Tiếng Ve Vào Mùa Hè Lớp 6

Cập nhật thông tin chi tiết về Xây Dựng Cây Phát Sinh Loài Dễ Dàng Với Blast Và Mega trên website Englishhouse.edu.vn. Hy vọng nội dung bài viết sẽ đáp ứng được nhu cầu của bạn, chúng tôi sẽ thường xuyên cập nhật mới nội dung để bạn nhận được thông tin nhanh chóng và chính xác nhất. Chúc bạn một ngày tốt lành!

Yêu thích 2083 / Xu hướng 2163 / Tổng 2243 thumb
🌟 Home
🌟 Top